Shopifyでネットショップを開設する際、決済方法の選択で迷う事業者は少なくありません。「どの決済サービスを導入すべきか」「手数料はどれくらいかかるのか」「設定は難しくないのか」といった疑問を持つ方も多いでしょう。本記事では、Shopifyで利用可能な決済方法の全体像から、各サービスの特徴・手数料、そして導入手順までわかりやすく解説します。
この記事の結論
- Shopifyペイメントは取引手数料0円・業界最安水準の決済手数料で初心者に最適
- コンビニ決済や後払いを導入するにはKOMOJUなど外部サービスが必要
- 複数の決済方法を提供することでカゴ落ちを防ぎ売上向上につながる
Shopifyで使える決済方法とは？
Shopifyの決済方法は大きく2つに分類されます。ここでは、公式決済と外部決済の違い、日本で人気の決済方法、ターゲットに合わせた選び方を解説します。
Shopify公式決済と外部決済の違い
Shopify公式の決済サービスである「Shopifyペイメント」は、管理画面から簡単に設定でき、外部サービス取引手数料がかからない点が大きなメリットです。一方、外部決済サービスは、Shopifyペイメントでは対応していないコンビニ決済や後払い決済など、多様な決済手段を提供できます。
Shopifyペイメントを利用する場合、Basicプランで2.0%、Growプランで1.0%、Advancedプランで0.6%の外部サービス取引手数料が免除されます。これに対し、外部決済サービスを利用すると、決済手数料に加えてこの取引手数料が発生するため、コスト面での比較が必要です。
日本国内で人気の決済方法
日本国内のEC市場においてはクレジットカード決済が最も利用されており、次いでQRコード決済、コンビニ決済、後払い決済の順に人気があります。総務省の「令和3年版情報通信白書」によると、インターネット購入時の決済方法としてクレジットカードは79.8%のユーザーが利用しており、2026年現在もクレジットカードが主流である状況に変わりはありません。
Shopifyストアでは、これらの主流決済方法に加え、Apple PayやGoogle Payなどのスマホ決済、PayPalなどのデジタルウォレット、さらには銀行振込や代引きといった従来型の決済方法まで幅広く対応可能です。
ターゲット顧客に合わせた決済選択
決済方法の選択は、ターゲット顧客層によって大きく変わります。10代から20代前半をターゲットとする場合、クレジットカードを持たない層が多いため、キャリア決済や後払い決済が効果的です。
一方、BtoB取引では請求書払いや銀行振込が必要です。越境ECを展開する場合は、各国で主流の決済方法を把握することが不可欠です。欧米ではPayPalやクレジットカードが主流ですが、中国ではAlipayやWeChat Pay、東南アジアでは銀行振込が好まれる傾向にあります。
Shopifyペイメントの手数料と特徴
Shopifyペイメントは、初期費用や月額固定費が不要で、管理画面内で決済処理を完結できる公式サービスです。ここでは、プラン別の手数料やメリット、入金サイクルを紹介します。
プラン別の決済手数料を比較
Shopifyペイメントの決済手数料は、契約しているプランによって異なります。2026年2月時点での手数料は以下の通りです（最新の手数料はShopify公式サイトでご確認ください）。
| プラン | 国内カード | JCBカード | 海外カード/Amex |
|---|---|---|---|
| Starter | 5.0% | 5.0% | 5.0% |
| Basic | 3.55% | 3.55% | 3.90% |
| Grow | 3.4% | 3.4% | 3.85% |
| Advanced | 3.25% | 3.25% | 3.75% |
Shopifyペイメントを利用すれば、振込手数料は0円で、外部サービス取引手数料も発生しません。他の外部決済サービスを利用する場合、Basicプランで2.0%、Growプランで1.0%、Advancedプランで0.6%の取引手数料が追加でかかるため、コスト面で大きな差が生まれます。
Shopifyペイメントの3つのメリット
Shopifyペイメントの最大のメリットは、決済に関するすべての処理をShopify管理画面内で完結できる点です。売上データの確認、返金処理、チャージバック対応などが一元管理できるため、業務効率が大幅に向上します。
さらに、Shopifyペイメントを有効化すると、Apple Pay、Google Pay、Shop Payといった高速決済サービスも自動的に利用可能になります。特にShop Payは、一度情報を登録すれば次回以降ワンタップで購入できるため、コンバージョン率が通常の決済方法と比較して平均1.72倍向上するというデータがあります。
セキュリティ面では、3Dセキュア2.0に自動対応しており、不正利用を防ぐための本人認証が標準搭載されています。
入金サイクルと振込スケジュール
Shopifyペイメントの入金サイクルは、日本国内の事業者の場合、最短5営業日です。具体的には、日曜日締めの売上が翌週金曜日に指定口座へ入金される仕組みになっています。
入金スケジュールは「毎週」または「毎月」から選択可能です。毎週払いを選択すれば資金繰りがスムーズになり、毎月払いを選択すれば管理がシンプルになります。入金タイミングの変更は管理画面から簡単に設定可能です。
主要な外部決済サービスを比較
Shopifyペイメントだけではカバーできない決済ニーズに対応するため、外部決済サービスの活用が有効です。ここでは、主要な3つの選択肢を紹介します。
KOMOJU｜多様な決済を一括導入
KOMOJUは、株式会社DEGICAが提供する決済代行サービスで、コンビニ決済やスマホ決済など日本国内で人気の決済方法を一括で導入できます。Shopifyペイメントでは対応していない決済手段を補完する形で活用されることが多いサービスです。
KOMOJUの決済手数料は、クレジットカード（Visa/Mastercard/Amex/JCB/Diners/Discover）が一律3.25%です。スマホ決済は3.5%から（楽天ペイのみ4.4%から）、コンビニ決済は2.75%、銀行振込は1.4%となっています。初期費用と月額料金は無料ですが、振込手数料が220円（入金額3万円未満）、410円（3万円以上）かかります。
対応決済方法が豊富で、PayPay、LINE Pay、メルペイ、au PAY、d払いなどの主要QRコード決済から、コンビニ決済、さらにはAlipayやWeChat Payといった訪日外国人向けの決済にも対応可能です。
SBペイメントサービス｜PayPay決済に強み
SBペイメントサービスは、ソフトバンクグループが提供する決済サービスで、特にPayPay決済の導入に強みを持ちます。約7,200万人が利用するPayPayのオンライン決済を簡単に導入でき、カゴ落ち防止に効果的です。
クレジットカード決済手数料は、VisaとMastercardが3.10%から、JCB、Diners、American Expressが3.40%からと業界最安水準です。PayPay（オンライン）の決済手数料は3.45%で、売上金の振込手数料は無料です。
SBペイメントサービスは、EMV3Dセキュア（3Dセキュア2.0）やAI不正検知といったセキュリティオプションを無償で提供しており、初めて決済サービスを導入する事業者でも安心して利用可能です。
後払い決済サービスの選択肢
後払い決済は、購入者が商品を受け取った後にコンビニや銀行で支払える仕組みで、クレジットカードを持たない顧客層の獲得や、初めて利用するECサイトでの信頼性向上に貢献します。
NP後払いは業界シェアNo.1のサービスで、95%以上という高い与信通過率が特徴です。複数のプランが用意されており、月額取引量に応じて決済手数料は2.9%から5.0%の範囲で設定されます。
atone（アトネ）は、決済手数料が2.5%からと業界最安水準で、0.5%のポイント還元があるためリピート購入を促進できます。Paidy（ペイディ）は、メールアドレスと携帯電話番号だけで利用でき、3回または6回の分割後払いにも対応可能です。
Shopifyペイメントの導入手順
Shopifyペイメントの導入は、管理画面から数ステップで完了できます。ここでは、アカウント設定から銀行口座登録、セキュリティ設定までの流れを解説します。
アカウント設定の基本ステップ
まず、Shopify管理画面にログインし、「設定」メニューから「決済」ページに移動します。決済ページには「Shopifyペイメント」のセクションがあり、「アカウントの設定を完了する」ボタンをクリックすることで設定が可能です。
設定画面では、事業者情報の入力が求められます。個人事業主の場合は「個人」、法人の場合は「法人」を選択し、事業者名、住所、電話番号などの基本情報を正確に入力してください。入力内容に誤りがあると、本人確認や振込処理に支障が出る可能性があります。
銀行口座情報の登録方法
売上金を受け取るための銀行口座情報の登録が必要です。金融機関名、支店名、口座種別（普通・当座）、口座番号、口座名義を入力します。
口座名義は、事業者情報として登録した名義と一致している必要があります。銀行情報の入力後、カード明細書に表示される請求書情報を設定します。これは顧客のクレジットカード明細に表示される名称で、ストア名やブランド名を設定するのが一般的です。
セキュリティ設定と不正防止
Shopifyペイメントには、不正注文を防止するための機能が標準搭載されています。管理画面の「設定」＞「決済」から「Shopifyペイメント」の「管理」をクリックし、「不正注文を防止」のセクションで各項目にチェックを入れることで有効になります。
住所認識システム（AVS）は、購入者が入力した請求先住所とクレジットカード会社に登録されている住所を照合します。セキュリティコード（CVV/CVC）の確認は、カード裏面の3桁または4桁の番号を入力させることで、カードの実物所持を確認する仕組みです。3Dセキュアは、Shopifyペイメントでは自動的に有効になっており、リスクが高いと判断された取引では追加の本人認証が求められます。
外部決済サービスの連携手順
Shopifyペイメント以外の決済サービスを利用するには、各サービスとShopifyを連携させる必要があります。ここでは、契約から設定、併用時の注意点までを解説します。
決済代行サービスとの契約
外部決済サービスを利用するには、まず各サービスの公式サイトから申し込みを行います。申し込み時には、事業者情報、取扱商品、予想売上高などの情報が必要です。
審査期間はサービスによって異なり、最短で3営業日から1週間程度かかることが一般的です。審査完了後、決済サービスから提供されるAPIキーやマーチャントIDなどの認証情報を受け取ります。これらの情報はShopifyとの連携に必要なため、安全に保管してください。
Shopify管理画面での設定
Shopify管理画面の「設定」＞「決済」ページに移動し、「サードパーティの決済サービス」セクションから導入したいサービスを検索します。サービス名を選択すると、設定画面が表示されます。
設定画面では、決済サービスから提供された認証情報（APIキーやマーチャントIDなど）を入力します。入力後、「有効化」ボタンをクリックすることで連携が完了します。サービスによっては、決済方法の選択や表示名のカスタマイズも可能です。
複数決済サービス併用時の注意点
複数の決済サービスを併用する場合、各サービスの外部取引手数料が累積してコストが増加する可能性があります。Shopifyペイメントを主軸とし、必要な決済手段だけを外部サービスで補完するのが効率的です。
また、決済方法が多すぎると顧客が選択に迷い、かえってカゴ落ちにつながることもあります。ターゲット顧客の決済ニーズを分析し、本当に必要な決済方法に絞り込むことが大切です。
まとめ
Shopifyで利用できる決済方法は多岐にわたりますが、初めてECサイトを運営する場合は、まずShopifyペイメントから始めることをおすすめします。外部サービス取引手数料が無料で、決済手数料も業界最安水準、さらに設定が簡単という利点があります。
ビジネスが成長し顧客層が広がるにつれて、コンビニ決済や後払い決済などの導入を検討するとよいでしょう。KOMOJUやSBペイメントサービスのような外部サービスを活用すれば、Shopifyペイメントでカバーできない決済ニーズに対応できます。決済方法は単なるコストではなく、売上を左右する戦略要素です。ターゲット顧客の決済習慣を理解し、適切な選択肢を提供することで、カゴ落ちを防ぎコンバージョン率を高めることができます。
なお、Shopifyで売上が伸びてくると、決済だけでなく受注処理や在庫管理、出荷業務の効率化も重要な課題になります。LOGILESS（ロジレス）は、OMS（受注管理）とWMS（倉庫管理）が一体となったEC自動出荷システムで、ShopifyとAPI連携に対応しています。Shopifyからの受注情報の自動取り込み、在庫数のリアルタイム同期、出荷実績の自動反映まで、受注から出荷までの90%以上を自動化できます。
LOGILESSは「Shopify Partner of the Year 2023 – Japan」において「Shopify Plus App Developer of the Year」を受賞しており、Shopify Japanから注文管理と倉庫管理を統合したソリューションとして高く評価されています。Shopify App Storeでも公式アプリとして提供されており、Shopifyストアとの連携はスムーズです。利用社数1,600社以上、年間4,000万件以上の出荷実績があり、初期費用無料で導入できます。Shopifyストアの業務効率化をお考えの方は、まずはLOGILESSの公式サイトからお気軽にお問い合わせください。
よくある質問（FAQ）
Q. Shopifyペイメントだけで十分ですか？
クレジットカード決済が中心のストアであれば、Shopifyペイメントだけで運営をスタートできます。ただし、日本国内ではコンビニ決済や後払い決済のニーズも高く、特にクレジットカードを持たない若年層やECサイトの利用に慎重な層を取り込むためには、KOMOJUなどの外部サービスで決済手段を補完することが効果的です。まずはShopifyペイメントで開始し、顧客層の広がりに応じて段階的に決済方法を追加するのがおすすめです。
Q. 外部決済サービスを使うと手数料はどれくらい増えますか？
外部決済サービスを利用する場合、各サービスの決済手数料に加えて、Shopifyの外部サービス取引手数料（Basicプラン2.0%、Growプラン1.0%、Advancedプラン0.6%）が上乗せされます。たとえばBasicプランでKOMOJUのコンビニ決済（2.75%）を使う場合、合計で4.75%の手数料がかかる計算です。コスト増を抑えるには、Shopifyペイメントを主軸にしつつ、ターゲット顧客に本当に必要な決済手段だけを外部で補完する方法が効率的です。
Q. Shopifyで注文が増えてきたら、出荷業務はどう効率化すべきですか？
注文数が増えると、受注処理や在庫管理、出荷指示、送り状発行といったバックヤード業務の負担が急増します。LOGILESSのようなOMS・WMS一体型の自動出荷システムを導入すれば、Shopifyからの受注情報を自動取り込みし、在庫の引き当てから出荷指示、送り状発行までを自動化できます。LOGILESSはShopify App Storeで公式アプリとして提供されており、「Shopify Plus App Developer of the Year」を受賞した実績もあるため、Shopifyとの連携信頼性は高いです。
