EC一元管理システムとは？
EC一元管理システムとは、一言で表すと「バラバラに存在する複数のネットショップを、たった1つの画面でまとめて操作できるコントローラー」のことです。
楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピング、Shopifyなど、複数の販路（モール・カート）を展開しているショップにおいて、「受注」「在庫」「商品ページ」などのデータをシステムとAPI連携させ、一箇所に集約して管理する仕組みを指します。
多店舗展開の課題：「管理画面の切り替え」と「売り越し」
販路を拡大すればするほど、現場の運営担当者を悩ませるのが「管理画面の切り替え地獄」と「在庫の売り越し（欠品）リスク」です。通常、システムを導入せずに多店舗展開をしていると、以下のような煩雑な作業が日常的に発生します。
- 楽天で商品が売れたら、急いでAmazonの在庫数を手動で減らす
- Yahoo!ショッピングの注文確認後にログアウトし、Shopifyへログインし直して注文を確認する
- 各モールごとの異なる伝票フォーマットに合わせて、手作業で送り状を作成する
これらはすべて「手作業」であり、ミスが許されないストレスの溜まる業務です。EC市場の競争が激化する中、「バックヤード（事務作業）に時間を使っている暇はない」というのが本音ではないでしょうか。
EC一元管理システムを導入する真のメリット
これらの課題を解決し、複数ショップの運営を劇的に効率化するのが「EC一元管理システム」です。導入によるメリットは、単なる作業時間の短縮だけではありません。
- 機会損失の防止 在庫が自動で連動するため、売り越し（在庫切れ）を恐れて在庫数を少なめに設定する必要がなくなります。「売れるはずだったのに売れなかった」という機会損失を最小限に抑えられます。
- コア業務への集中 受注処理や在庫調整などのルーティンワークを自動化することで、空いた時間を「商品企画」や「販促」といった、売上を伸ばすためのコア業務に充てることができます。
このように、一元管理システムは守り（業務効率化）だけでなく、攻め（売上アップ）の基盤となるツールです。
おすすめのEC一元管理システム10選
「自社に合うシステムはどれだろう？」とお悩みの方に向けて、ここからは実績豊富で機能性に優れたEC一元管理システム10社を厳選してご紹介します。それぞれの特徴を比較し、ぜひ導入の参考にして下さい。
LOGILESS（ロジレス）
受注から出荷指示までを「ほぼ完全自動化」できる、OMS×WMS一体型システム
LOGILESS（ロジレス）は、株式会社ロジレスが提供するクラウド型のEC一元管理システムです。
最大の特徴は、一般的な「受注管理システム（OMS）」の機能に加え、「倉庫管理システム（WMS）」の機能も内包した「一体型システム」である点です。
ネットショップ（カート・モール）と倉庫の双方を一元管理できるため、受注が入ってから倉庫へ出荷指示を出すまでのタイムラグや手作業を極限までゼロに近づけることができます。
また「Shopify Partner of the year」や「Boxil SaaS Award 2025で総合1位」を受賞しており実績も十分なサービスです。
主な特徴
- OMSとWMSの一体型:
システム間でデータを移す作業（CSVダウンロード・アップロードなど）が不要です。ショップで受注したデータが、即座に倉庫側の出荷指示データとして連動します。 - ノーコードで実現する強力な自動化:
プログラミング知識がなくても、「もし〇〇なら、◻︎◻︎する」といった自動化ルールを簡単に設定できます。- （例）「購入金額が1万円以上」なら「おまけ商品を同梱する」
- （例）「配送先が沖縄」なら「船便の配送方法に変更する」
といった複雑な業務フローも、システムが自動で判断・処理します。
- 倉庫マッチングサービス：
- ロジレスでは約200社を超える倉庫事業者様と提携しており、お客様に合った倉庫事業者様を紹介可能です。ネットショップを始めたいけど出荷業務をどうして良いか分からないEC事業者様、出荷量が増えてきて自社での対応が難しくなり物流代行を検討しているEC事業者様も相談可能です。
料金
| 項目 | 費用 |
| 初期費用 | 0円 |
| 月額基本料金 | 20,000円〜 （WMS費用含む） |
| 無料お試し | 30日間のテストアカウントあり |
ネクストエンジン (Next Engine)
導入実績No.1。圧倒的な対応モール数と「アプリ」による拡張性が魅力
ネクストエンジンは、NE株式会社が提供する、業界トップクラスの導入シェアを誇るSaaS型EC一元管理システムです。契約社数は6,500社を越えており数多くのEC事業者様がご利用しております。
長年の運営実績があり、対応しているモールやカートの数が非常に多いのが特徴です。また、スマートフォンのように「アプリ」を追加することで機能を自由に拡張できる仕組みを持っており、自社の運用に合わせてシステムをカスタマイズしたい事業者に支持されています。
主な特徴
- 業界最大級の対応モール・カート数:
楽天市場やAmazonなどの主要モールはもちろん、特定の業界向けのカートや、比較的新しいカートシステムまで幅広く対応しています。「使いたいカートが対応していない」というリスクが少ないのが強みです。 - 「アプリ」による機能拡張:
基本機能に加えて、必要な機能だけを「アプリ」として追加インストールできる仕組みです。 - 柔軟な自動連携:
受注ステータスの自動移動やメールの自動送信など、きめ細かな設定が可能です。多くのWMS（倉庫管理システム）ともAPI連携しており、外部倉庫を使っている場合でもデータ連携が可能です。
料金プラン（概算）
受注件数に応じた従量課金制が基本となります。
| 項目 | 費用 |
| 初期費用 | 0円 |
| 月額基本料金 | 3,000円〜 |
| 無料お試し | 無料体験あり |
GoQSystem（ごくーシステム）
GoQSystem（ごくーシステム）は、株式会社GoQSystemが提供するクラウド型通販業務一元管理システムです。
最大の特徴は、システム開発会社自身が「現役でEC店舗を運営している」という点です。実際の現場で「こんな機能が欲しい」「ここが使いにくい」と感じた課題を即座に開発に反映させているため、とにかく「現場のスタッフにとって使いやすい（かゆい所に手が届く）」設計になっています。
マニュアルを見なくても直感的に操作できる画面デザインと、受注件数が増えてもコストが上がりにくい料金体系で、初心者から大規模店舗まで幅広く支持されています。
主な特徴
- 最短20分で導入可能！直感的なUI:複雑な設定や専門用語が少なく、誰でもすぐに使いこなせるわかりやすい画面（UI）が特徴です。パート・アルバイトスタッフへの教育コストも削減できます。
- 定額制の料金体系 : 5つのプランがあり、それぞれ定額制です。出荷量が突然増えた場合でも料金が跳ね上がらないので安心です。
- サポート体制：電話・メールでのサポートの他に、営業時間外での緊急時のLINEでのお問い合わせ（土日祝）もあるのが特徴です。土日や深夜などでトラブルが起きた時も安心です。
料金プラン（概算）
多くのプランで「受注件数による従量課金」がなく、定額で利用しやすいのが特徴です。
| 項目 | 費用 |
| 初期費用 | 30,000円（キャンペーン等で無料の場合あり） |
| 月額基本料金 | 15,000円〜 （プランにより異なる） |
| 無料お試し | 20日間あり |
CROSS MALL（クロスモール）
CROSS MALL（クロスモール）は、東証上場企業の株式会社アイルが提供するEC一元管理システムです。
最大の特徴は、アパレルや雑貨などで発生する「サイズ・カラー別の複雑な商品管理（SKU管理）」に強い点です。
「商品Aの赤・Sサイズ」といったバリエーションを、直感的なマトリクス表で管理できるため、ファッション系EC事業者から支持を得ています。
また、同社が提供する販売管理システム「アラジンオフィス」との連携がスムーズで、ネットショップだけでなく、実店舗や卸売（B2B）を含めた在庫・売上の一元管理を実現しやすいのも魅力です。
主な特徴
- SKU（サイズ・色）管理が見やすい:縦軸にサイズ、横軸に色を配置した「マトリクス形式」で在庫数を確認・登録できます。バリエーションが多い商品でも、在庫の偏りや欠品が一目でわかります。
- セット商品・ノベルティ管理に強い:「福袋」や「上下セット販売」など、複数の商品を組み合わせて販売する際の在庫連動に定評があります。構成品の一つが減ると、セット品の在庫も自動計算して減らすことができます。
- 実店舗・POS連携（オムニチャネル対応）:実店舗のPOSレジや、基幹システムとの連携実績が豊富です。
「ネットで注文して店舗で受け取る」といったOMO施策を行いたい企業にも適しています。
料金プラン（概算）
必要な機能を選んで契約するスタイルが多いため、無駄なコストを抑えられます。
| 項目 | 費用 |
| 初期費用 | 0円（キャンペーン等で無料の場合あり） |
| 月額基本料金 | 10,000円〜 （プランにより異なる） |
| 無料お試し | 要お問い合わせ |
スマレジEC 一元管理
「作業の時短」だけでなく「売上アップ」も狙う。顧客管理（CRM）と同梱処理に強い
アシスト店長は、株式会社ネットショップ支援室が提供するEC一元管理システムです。
現在は、株式会社スマレジのグループ会社となっています。
他のシステムとの違いは、**「受注管理＋顧客管理（CRM）」**というコンセプトです。複数のモールでバラバラに購入したお客様を「同一人物」として自動で名寄せ（統合）し、「この人は以前楽天で買ったけど、今回はAmazonで買ってくれた」といった購買履歴を一元化できます。
これにより、優良顧客（ロイヤルカスタマー）の特定やLTV（顧客生涯価値）の分析が可能になり、バックヤード業務を効率化しながら、同時にマーケティング施策も打ちたい事業者に選ばれています。
主な特徴
- 強力な「名寄せ」とCRM機能:住所や電話番号、メールアドレスなどから、異なるモールのお客様を自動で同一人物として認識します。「初回購入」に見えて実は「リピーター」であるお客様を見逃さず、適切な同梱物（チラシやサンプル）を送り分けるといった「おもてなし」が可能になります。
- 賢い「同梱（おまとめ）」機能:同じお客様から複数の注文が入った際、条件に合わせて自動で1つの梱包にまとめる機能が非常に優秀です。これにより、無駄な送料を削減し、配送コストを大幅にカットできます。
- 定期通販・単品通販との相性が良い:化粧品や健康食品など、リピート購入が重要になる商材での導入実績が豊富です。分析機能を使って、リピート率を高めるための戦略を立てやすくなります。
料金プラン（概算）
受注件数に応じた従量課金制ですが、機能の豊富さを考えるとコストパフォーマンスが高いプラン設定です。
| 項目 | 費用 |
| 初期費用 | 要お問いわせ |
| 月額基本料金 | 10,000円〜 |
| 無料お試し | 要お問いわせ |
TEMPOSTAR（テンポスター）
「自社発送」と「倉庫委託」の併用ならこれ。複雑な物流振り分けに強い
TEMPOSTAR（テンポスター）は、SAVAWAY株式会社（NHNグループ）が提供するEC一元管理システムです。
LINEなどを運営していたNHNグループの技術力を背景に、サーバーの安定性が非常に高く、セール時の注文集中でもダウンしにくい堅牢さが特徴です。
機能面での最大の強みは、**「物流ルートの自動振り分け」**です。「この商品は自社倉庫から」「この商品は外部倉庫から」「この商品はメーカー直送」といった複雑な配送パターンが混在していても、システムが自動で判断して処理を振り分けてくれます。
主な特徴
- 予約商品・同梱設定がきめ細かい:「予約商品」と「通常商品」が同時に注文された場合、「揃ってから送る」のか「別々に送る（分割発送）」のかを細かく制御できます。かゆい所に手が届く詳細な設定が可能です。
- 安心のサポートとカスタマイズ:個別のカスタマイズ開発に対応しており、独自の業務フローを持つ大規模店舗にもフィットします。また、サポート体制が手厚く、システム移行時の伴走支援も充実しています。
料金プラン（概算）
商品登録数と受注件数に応じたプラン体系です。
| 項目 | 費用 |
| 初期費用 | 要お問いわせ |
| 月額基本料金 | 1,650円〜（機能制限あり） |
| 無料お試し | 30日間 |
助ネコEC管理システム
「使いやすさ」と「おもてなし」で選ぶならNo.1。初心者に最も優しいシステム
助ネコは、株式会社助ネコが提供するクラウド型EC一元管理システムです。
システム名やロゴの親しみやすさが表す通り、**「ITが苦手な人でも直感的に使える」**ことに徹底的にこだわった画面設計が最大の特徴です。無機質な管理画面ではなく、色分けやアイコンが多用されており、マニュアルを読み込まなくても操作の流れがわかります。
また、単なる効率化だけでなく、ネットショップの「おもてなし（丁寧な対応）」を支援する機能を重視しており、お客様一人ひとりへの丁寧なメール対応やギフト対応を行いたい店舗から愛されています。
主な特徴
- 直感的でわかりやすい画面デザイン:「処理すべき注文」が信号機のように色分け表示されるなど、視覚的に状況を把握できます。パートさんや新人スタッフが入社しても、教育時間をかけずに即戦力化できます。
- 「ギフト・贈答品」対応に強い:熨斗（のし）の種類、名入れ、ラッピングの有無など、ギフト注文特有の細かい要望を管理画面上でスムーズに処理できます。お中元・お歳暮・母の日などの繁忙期でもミスなく丁寧な対応が可能です。
- 神対応と評されるサポート体制:サポートの質の高さに定評があります。システムの使い方だけでなく、モールごとの仕様変更などにも詳しく、親身になって相談に乗ってくれるため、初めてシステムを導入する店舗にとって心強い存在です。
料金プラン（概算）
必要な機能（受注・在庫・商品登録）を単独で契約することも、セットで契約することも可能です。
| 項目 | 費用 |
| 初期費用 | 30,000円〜 （キャンペーン等で無料の場合あり） |
| 月額基本料金 | 2,000円〜 （機能単体の場合。セットプランは別途見積） |
| 無料お試し | 30日間あり |
特攻店長
「圧倒的な処理スピード」と「カスタマイズ性」。大量注文をさばく中〜大規模店の“専用機”
特攻店長は、株式会社キャプサーが提供するEC一元管理システムです。
最大の特徴は、一般的な「ブラウザで操作するシステム」とは異なり、パソコンにインストールして使う**アプリケーション型（現在はクラウド経由で利用可能）**である点です。
そのため、Web画面特有の「クリックごとの読み込み待ち」が一切なく、Excelのようにサクサク動きます。楽天スーパーセールなどで1日に数千〜数万件の注文が入るような大規模店舗でも、フリーズすることなく高速に処理できる「プロ仕様」のツールです。
主な特徴
- アプリケーションならではの「超」高速動作:画面の切り替えやデータの読み込みが一瞬で終わります。マウス操作だけでなくキーボードショートカットも充実しており、慣れたスタッフが操作すると、ブラウザ型のシステムとは比べ物にならない速度で事務処理を完了できます。
- 無限に近い「カスタマイズ」能力:「この帳票をこの形式で出したい」「特定の商品の時だけ特殊な計算をしたい」といった、他社システムでは「できません」と断られるようなニッチな要望も、カスタマイズ開発で実現可能です。
- 過去データを「無期限」で保存:多くのクラウドシステムが「過去1年分」しかデータを保持しない中、特攻店長はサーバー容量が許す限り過去の注文データを消さずに残せます。数年前のデータと比較分析を行いたい店舗に最適です。
料金プラン（概算）
店舗の規模に合わせたプラン選択が可能です。「定額制」の要素が強く、大量に売ってもコストが跳ね上がりにくい設定です。
| 項目 | 費用 |
| 初期費用 | 0円 |
| 月額基本料金 | 10,000円〜 （受注件数に制限あり） |
| 無料お試し | 要お問い合わせ |
通販する蔵
「システムに人を合わせる」のではなく「人にシステムを合わせる」。オーダーメイド級のカスタマイズ
通販する蔵は、株式会社ソフテルが提供するEC一元管理システムです。
最大の特徴は、一般的なASP（SaaS）型のシステムとは異なり、導入企業の業務フローに合わせてシステム側を作り込む**「セミスクラッチ（半オーダーメイド）」**に近い提供形態をとっている点です。
「今の業務フローを変えたくない」「特殊な販売ルールがあり、他社のパッケージソフトでは対応できなかった」という企業にとって、まさに最後の砦となるシステムです。また、B2C（一般消費者向け）だけでなく、**B2B（卸売り）**の受注管理機能も非常に強力です。
主な特徴
- 業務フローに合わせた徹底的なカスタマイズ:「Aの商品はBの箱に入れて、Cの伝票を使う」といった独自の複雑なルールも、システム側を開発して対応させます。現場スタッフは今までのやり方を変える必要がなく、スムーズに導入できます。
- B2B（卸売り）・実店舗・ECの完全統合:ネットショップだけでなく、電話やFAXでの卸注文も同じ画面で管理できます。「得意先ごとに掛率（卸値）を変える」「売掛金の限度額管理をする」といった、一般的なECシステムでは苦手なB2B特有の機能が充実しています。
- 基幹システム（ERP）との連携:「勘定奉行」や「PCA」などの会計ソフト・販売管理ソフト（基幹システム）との自動連携実績が豊富です。経理部門や在庫統括部門とのデータ連携を自動化したい中堅・大手企業に選ばれています。
料金プラン（概算）
カスタマイズ前提のシステムであるため、決まった料金表はなく、要件定義を行った上での「個別見積もり」となります。
| 項目 | 費用 |
| 初期費用 | 要見積もり （カスタマイズ内容による） |
| 月額基本料金 | 要見積もり |
| 無料お試し | 要お問い合わせ |
まとまるEC店長
業界最安水準のコストパフォーマンス。無駄を省いて「安く・賢く」管理したい店舗へ
まとまるEC店長は、株式会社ブランディングテクノロジーが提供するEC一元管理システムです。 最大の特徴は、**「圧倒的なランニングコストの安さ」**です。多機能・高価格なシステムが多い中、機能を「商品管理・受注管理・在庫管理」の基本3点に絞り込むことで、他社システムよりも低価格での提供を実現しています。
「高機能なシステムを入れても、結局使いこなせない」という小〜中規模店舗や、利益率を重視して固定費を極限まで下げたい店舗にとって、最も有力な選択肢となります。
主な特徴
- 業界最安水準の料金設定: 月額数千円台から利用できるプランがあり、スタートアップや小規模事業者でも負担なく導入できます。従量課金の上限設定などもあり、売上が急増してもコストが跳ね上がりにくい安心設計です。
- 商品登録（出品）がスムーズ: 「Amazonで販売している商品を、楽天にも出したい」といった際、Amazonのデータをコピーして楽天用の形式に自動変換して登録する機能が優秀です。多店舗展開の初期段階での作業負担を大幅に減らせます。
- シンプルで必要十分な機能: 複雑な自動化ルールやWMS連携などは他社に譲るものの、「在庫を連動させる」「注文をまとめる」という一元管理の基本機能はしっかり網羅されています。
料金プラン（概算）
| 項目 | 費用 |
| 初期費用 | 要見積もり （カスタマイズ内容による） |
| 月額基本料金 | 9,800円 ~ |
| 無料お試し | 1ヶ月間 |
まとめ
今回は10のEC一元管理システムについて、ご紹介させて頂きました。
自社にあった、EC一元管理システムを選ぶには事業の規模、物流の内外製、商品点数や、出店しているカートモールの数など多角的な視点から選定する必要があります。
本記事がEC一元管理システム選定の一助になれば幸いです。
